使研究肺部疾病的个性化基因组生物标志物变得更加容易

在过去的几年中,通过从研究参与者那里获得肺组织,并研究患有和没有肺部疾病的人的肺DNA和RNA的机械基因组标记物的变化,在了解肺部疾病如何发展和预测谁将对某些靶向治疗有反应方面取得了重大进展。官方manbetx手机版然而,进展的一个重要障碍是获得肺组织的能力,因为这样做会给患者带来风险,例如支气管镜检查(检查肺部)和活检(从肺部提取样本),这是侵入性的,需要经过广泛培训的专家,并且需要镇静,甚至对儿童进行全身麻醉。这在临床环境中是不实际的,在儿童研究环境中实施也存在伦理问题。官方manbetx手机版将这些类型的基因组发现传递给患者的一个巨大障碍是弄清楚如何以非侵入性的方式获得组织。

最近的研究表明,鼻子里的细胞的行为与肺里的细胞非常相似。然而,从鼻子中获取细胞的传统方法需要特殊的设备和广泛的培训。在这项研究中,我们招募了12名成年人,并比较了使用特殊的鼻尖从鼻子前部(前鼻孔)获取细胞是否能提供与传统方法相当的结果,传统方法包括使用鼻镜、头灯和鼻刷来获取鼻子深处(下鼻甲)的细胞。

图1所示。比较使用qtip方法与传统方法从鼻子中获取细胞的RNA(基因表达)和DNA(甲基化)模式。1一个。Illumina humanht - 12v4表达芯片阵列基因水平表达强度的散点图。使用传统方法(下鼻甲细胞)和qtip方法(前鼻细胞)获得鼻腔样本。每个样本的表达强度直方图绘制在对角线上。1 b。Illumina Beadchip Infinium HD阵列上所有不同甲基化位点的散点图。所有样本都来自实验对象10。请注意,qtip样本(来自前鼻甲的细胞)和传统方法(来自下鼻甲的细胞)样本在基因表达和甲基化方面高度相关。 However, RNA from the qtip samples was significantly degraded.

图1所示。比较使用qtip方法与传统方法从鼻子中获取细胞的RNA(基因表达)和DNA(甲基化)模式。
1一个。Illumina humanht - 12v4表达芯片阵列基因水平表达强度的散点图。使用传统方法(下鼻甲细胞)和qtip方法(前鼻细胞)获得鼻腔样本。每个样本的表达强度直方图绘制在对角线上。1 b。Illumina Beadchip Infinium HD阵列上所有不同甲基化位点的散点图。所有样本都来自实验对象10。请注意,qtip样本(来自前鼻甲的细胞)和传统方法(来自下鼻甲的细胞)样本在基因表达和甲基化方面高度相关。然而,qtip样品中的RNA明显降解。

我们发现qtip方法比传统方法更舒适。重要的是,我们发现qtip方法和传统方法之间的DNA变化具有可比性。与传统方法相比,qtip方法的RNA被降解,但其他方面的结果与传统方法相似(图1)。

这样的研究对于将研究结果转化为诊所或医院的有用测试非常重要。官方manbetx手机版qtip方法已经在临床环境中广泛使用,并为大多数人所熟悉,包括儿童。如果研官方manbetx手机版究人员能够识别出某些DNA变化模式,从而预测肺部疾病患者对干预措施的反应,那么像这样的研究可以帮助将这些发现转化为临床医生可以执行的有用测试,以管理患者的肺部疾病。这些方法需要进一步的研究和改进。

黎佩琪,医学博士,公共卫生硕士1、2、4万达Phipatanakul,医学博士,女士3、4

1麻省总医院,
2哈佛大学公共卫生学院
3.波士顿儿童医院
4哈佛医学院
马萨诸塞州的波士顿

出版

鼻上皮细胞取样用于气道基因组研究的替代方法。
Lai PS, Liang L, Cibas ES, Liu AH, Gold DR, Baccarelli A, Phipatanakul W
[J]变态反应临床免疫学杂志,2015年10月

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