沙门氏菌病是人类最常见的食源性疾病之一，在世界范围内引起重大公共卫生问题。它是由食用受污染的非伤寒食品引起的沙门氏菌．与将沙门氏菌传染给人类有关的最常见食物包括家禽、鸡蛋、牛肉、牛奶、奶酪、鱼、贝类、蔬菜、水果和果汁。

人类疾病的主要特征是与腹泻、腹痛、恶心和呕吐、头痛、发冷和发烧相关的自限性胃肠道疾病。然而,沙门氏菌Tyhimurium，最常见的非伤寒血清型沙门氏菌在撒哈拉以南非洲，特别是在儿童、老年人和感染疟疾或人体免疫缺陷病毒的人中，与血液感染、侵袭性疾病甚至死亡有关。

图1所示。噬菌体分型:被不同噬菌体(病毒)感染的细菌培养物。如果这些洞是细菌被病毒杀死的地方。

人类爆发沙门氏菌据报道，在发展中国家和发达国家都有鼠伤寒，发病率和死亡率都很高。据估计，每年有68万多人死于侵入性非伤寒感染沙门氏菌包括沙门氏菌沙门氏菌感染。一种有效的流行病学监测和疫情调查实验室系统沙门氏菌因此，鼠伤寒是非常重要的。

安德森噬菌体分型是一种快速、低成本的方法，40多年来一直用于流行病学监测和追踪禽流感疫情的来源沙门氏菌沙门氏菌感染。它区分沙门氏菌沙门氏菌感染根据噬菌体的裂解模式，将其分为300多种确定的噬菌体类型沙门氏菌噬菌体噬菌体是杀死细菌的病毒(图1)。然而，有人认为高通量聚集规则间隔短回文重复序列(CRISPR)分型有可能取代传统的噬菌体分型，用于暴发调查沙门氏菌沙门氏菌感染。crispr属于CRISPR-Cas系统，该系统被描述为适应性细菌免疫系统，提供对外来DNA(如噬菌体和质粒)的获得性免疫。crispr是从入侵的噬菌体或质粒中获得的，并作为间隔区(回文重复序列之间的间隔区域)整合到细菌基因组中，这有助于提供细菌过去暴露于外源DNA的信息。

本文证明CRISPR分型在流行病学监测和疫情调查中没有应用价值沙门氏菌鼠伤寒杆菌自噬菌体类型与CRISPR类型之间没有相关性沙门氏菌培养的菌株。例如，菌株沙门氏菌属于不同噬菌体类型的鼠伤寒菌具有相同的间隔序列和相同的CRISPR类型(图2a)。此外，在相同噬菌体类型的菌株之间，也注意到CRISPR类型的差异(图2b)。

CRISPR分型也未能区分爆发型和非爆发型沙门氏菌鼠伤寒，因为CRISPR基因型相同沙门氏菌与2013年夏季英国泽西州食源性暴发有关的8型鼠伤寒终噬菌体(DT8)菌株以及不属于该暴发的其他DT8菌株。

同一噬菌体类型内存在不同的CRISPR类型，不同噬菌体类型之间存在相同的CRISPR类型沙门氏菌鼠伤寒证实了CRISPR分型在鼠伤寒暴发调查中的局限性沙门氏菌沙门氏菌感染。因此，CRISPR分型不能取代噬菌体分型的老派方法，也不能用于公共卫生实验室确定病毒之间的流行病学关系沙门氏菌沙门氏菌感染隔离。

图2所示。(A)鼠伤寒沙门氏菌不同噬菌体类型(DT104、U302和DT104b)的间隔序列相同。(B)鼠伤寒沙门氏菌(DT135)同一噬菌体类型间不同的间隔序列。

然而，随着基因组测序技术的进步，全基因组测序有可能取代包括噬菌体分型在内的传统实验室方法。

在世界范围内,沙门氏菌伤寒沙门氏菌是最主要的非伤寒血清型沙门氏菌在发展中国家和高收入国家都与食源性疾病暴发有关。没有疫苗可以预防沙门氏菌此外，多药耐药菌株的出现使疾病管理变得复杂。因此，在流行病学监测和疫情调查中使用准确和高度判别的实验室方法至关重要。

Manal穆罕默德
英国威斯敏斯特大学生命科学学院

出版

鼠伤寒沙门菌流行病学监测采用噬菌体分型还是CRISPR分型?
穆罕默德米
BMC Res Notes. 2017 11月7日

离线阅读:

相关文章:

	注射生理盐水治疗肌肉疼痛痛苦有各种形式和大小。从急性到慢性，从痛觉性和肌筋膜性到神经性，疼痛是生活的一部分。肌筋膜或肌肉疼痛是…
	气体类型影响微泡的稳定性和超声…超声(US)用于临床诊断和治疗。微泡(mb)作为超声造影剂用于检测微血流或特定病变。最近，MBs和…
	牛后代的奶和肉是经过基因编辑的吗?牛的角是一个动物福利和人类安全问题，但大多数高产奶牛品种都长角。通过杂交将无角性状引入奶牛种群。
	生物id筛选细菌毒力蛋白:新工具…20世纪20年代青霉素的发现彻底改变了我们治疗细菌感染的能力。然而，尽管引入了抗生素，传染性细菌病原体仍然是医疗保健的巨大挑战。
	猫的食物不良反应:1000例健康的营养是维持健康的免疫系统和抵抗疾病的关键。喂给动物的商业食品可能在主要营养素、矿物质和……
	人工珊瑚与野生珊瑚的繁殖差异台湾国立海洋生物水族馆博物馆(NMMBA)多年来一直专注于珊瑚的人工繁殖。2014年，各种人工珊瑚配子的自然产卵量…