质谱法已成为研究蛋白质和蛋白质组学的一种高灵敏度技术。蛋白质组是存在于细胞、组织或生物体中的各种形式的全部蛋白质。蛋白质组学的研究被称为蛋白质组学。质谱法通常用于分析和比较健康和患病个体样品的蛋白质组。

霰弹枪蛋白质组学是一种质谱数据采集方法，可用于识别和量化样品中存在的大多数蛋白质，如果不是全部的话。然而，由于散弹枪蛋白质组学的随机性，当重复实验时，可能无法识别相同的蛋白质。对于细胞和组织中丰度较低的蛋白质来说，这种可重复性的缺乏尤其如此。由于低丰度蛋白质通常具有重要的生物学意义，因此使用鸟枪式蛋白质组学方法获取此类数据以进行比较可能受到限制。靶向法是质谱法的另一种数据采集方法，是一种适用于大量样品中蛋白质鉴定和定量的技术，因为它可以产生可重复和一致的结果。

图1所示。

与霰弹枪蛋白质组学方法的新发现相比，靶向方法有助于验证结果并解决生物学实验中的假设驱动问题。靶向分析方法主要对预先选择的一组蛋白质进行分析，例如作为疾病生物标志物、药物靶标或信号通路和蛋白-蛋白相互作用网络组分的蛋白质。

其中一种有针对性的方法是并行反应监测(PRM)。在具有高分辨率和高质量精度的质谱仪上进行PRM;因此，这是一种非常敏感的方法。由于高灵敏度，PRM可以重复检测即使在复杂样品(如细胞、组织和体液)中含量极低的蛋白质。

PRM实验的工作流程是通过反相液相色谱法(RPLC)根据多肽(蛋白质片段)的疏水性分离多肽(蛋白质片段)混合物，并使用为PRM建立的数据采集方法在质谱仪中获取数据。PRM的数据采集方法包含肽的列表，这些肽只存在于研究人员感兴趣的蛋白质中，以及它们的洗脱时间窗口(见下一段)。官方manbetx手机版在获得数据并进行分析后，PRM观察到的肽丰度信息用于估计样品中相应蛋白质的丰度水平。

通过使用称为调度的参数，可以增加PRM的能力，以便在单个实验中量化更多的肽/蛋白质。在调度中，在数据采集方法中指定了肽段的RPLC洗脱时间窗口。例如，如果肽在37分钟洗脱，那么肽的两分钟洗脱时间窗口将为36.5至38.5分钟，四分钟洗脱时间窗口将为35至39分钟。调度使质谱仪仅在RPLC期间指定的肽洗脱时间窗口内寻找预先选择的肽。

当将已知数量的与PRM数据采集方法中肽序列相匹配的合成肽的较重版本添加到样品中时，可以获得健康或患病个体样品中自然存在的蛋白质的确切数量的信息。这种比较可以帮助研究人员确定疾病的机制，并确定潜在官方manbetx手机版的治疗药物靶点。

总之，在蛋白质组学中，靶向方法具有无与伦比的能力，可以在大量样品中重复识别和量化蛋白质子集。

Navin Rauniyar
耶鲁大学医学院W.M.凯克基金会生物技术资源实验室
美国康涅狄格州纽黑文

出版

平行反应监测:使用高分辨率和高质量精度质谱进行的有针对性的实验。
Rauniyar N
国际医学杂志，2015年12月2日

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