小龙虾免疫系统中发现的蛋白质
无脊椎动物的特点是只具有先天免疫机制，包括细胞免疫和体液免疫，这些机制似乎取决于所涉及的病原体而被激活。这些防御机制是由病原体识别受体(PRR)的激活触发的。淡水小龙虾Procambarus clarkii是一种经常用于不同生物学研究的动物模型，对全球水产养殖具有很高的经济重要性。然而，总的来说，甲壳类动物的基因组数据是可用的p . clarkii，是有限的。
图1所示。材料和方法示意图。
在这项研究中，我们获得了来自腹部神经索的转录组p . clarkii使用下一代测序技术。利用生物信息学工具，我们分析了596个3000到12000个核苷酸的转录组序列，并鉴定了80个mRNA分子，这些mRNA分子被认为与各种无脊椎动物的免疫系统途径相关(图1)。其中6个序列与GenBank数据库中先前报道的同一物种序列的匹配度为99 - 100%。这些结果表明了本研究所得结果的可靠性。其他74个转录本为首次发表，此前未见报道。所有序列与其他甲壳类动物的序列高度相似种渐渐和Litopenaus对虾．
根据已知的小龙虾免疫系统的不同代谢途径，我们将每个序列的信息分为六组(图2)。对于每个序列，我们描述了从转录组推断出的蛋白质名称、序列的核苷酸数量、从序列中推断出的氨基酸数量p . clarkii与其他物种匹配最好的，以及GenBank指定的加入号。还包括UNIPROT数据库中描述的每种蛋白质的功能活性。
我们发现了一组被描述为模式识别受体的序列。这些蛋白质是几乎所有生物体的第一道防线。这些至关重要的蛋白质可以识别与潜在致病性生物体相关的分子，称为病原体相关分子模式或PAMPs。在这组15个元素中，有6个参与细胞凋亡机制。15个序列中有7个是在环境胁迫下合成的热休克蛋白(HSPs)，其中6个序列与其他几种甲壳类动物中发现的序列高度相似。
此外，我们确定了16个参与由原酚氧化酶激活系统介导的凝血和黑化的成分，这些成分已经在几种甲壳类动物中被表征，以及18个参与互补途径的转录本。另一组7种蛋白质整合了病毒感染过程中特征的内吞途径的相关元件，以及其他通过裂解过程控制病原体内化到宿主细胞的蛋白质。
图2所示。在小龙虾的每组免疫途径中鉴定的转录本的数量Procambarus clarkii．
我们纳入了5个抗菌肽序列，其中一些对革兰氏阴性菌具有很强的抗菌作用。最大的一组包括19个涉及Toll和免疫缺陷途径(Imd)的转录本。在这些序列中，有12个元件与泛素-蛋白酶体系统相对应，泛素-蛋白酶体系统对维持细胞完整性至关重要，并可能在抗逆性和病原体防御中发挥作用。
结论
我们鉴定了小龙虾腹神经索转录组中的80个序列Procambarus clarkii它们编码的蛋白质在免疫系统中具有假定的功能活性。共组装了74个序列新创在本物种中首次报道。它们已在GenBank数据库中进行了注释，以便为那些有兴趣在分子水平上研究该物种免疫系统的人提供高质量的序列。
资助:医学学院，UNAM FM-DI/128/2019, PAPIIT-UNAM资助IN214817给LRS，资助ISSSTE-010.2015给JAGB。
Gabina Calderon-Rosete1，胡安·安东尼奥González-Barrios2，Manuel Lara-Lozano3.，
西莉亚Pina-Leyva3.，莱昂纳多Rodriguez-Sosa1
1墨西哥国立大学Autónoma医学院Fisiología系。Ciudad Universitaria, c.p. 04510 Ciudad de msamico, Mexico。
2医学实验室Genómica，医院区域"十月之春" ISSSTE。a .国立政治学院，1669,07300墨西哥，墨西哥。
3.神经科学系Fisiología, Biofísica, Avanzados研究中心Investigación。a .国家政治学院2508，萨卡塔恩科圣佩德罗，07360，姆萨塔恩科，姆萨塔恩科
出版
克氏原螯虾免疫系统相关蛋白的转录鉴定。
Calderón-Rosete G, González-Barrios JA, Lara-Lozano M, Piña-Leyva C, Rodríguez-Sosa L
2018年9月12日
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